柯尔克孜自治州隶属于新疆维吾尔自治区，位于新疆维吾尔自治区西南部，地跨天山山脉西南部、帕米尔高原东部、昆仑山北坡和塔里木盆地西北缘，自治州北部和西部分别与吉尔吉斯斯坦和塔吉克斯坦两国接壤，边境线长达1195千米。东部与阿克苏地区相连，南部与喀什地区毗邻，全州东西长约500千米，南北宽约140千米，面积7.25万平方千米。

名称由来：克孜勒苏柯尔克孜语意为“红水”。境内有克孜勒苏河穿境而过，故在自治州成立时，决定以克孜勒苏作为自治州的名字。