主要区别如下：

1、板块不同

沪市只有主板与B股；深市有深证成指、中小板指数、创业板指数、深证100指数和深证300指数。

2、股票代码不同

（1）沪市首位代码代表的产品定义分别为：0国债/指数、1债券、2回购、3期货、4备用、5基金/权证、6A股、7非交易业务（发行、权益分配）、8备用、9B股。

（2）深市主板是000开头，中小板是002开头、创业板是300开头、B股是200开头。顺序编码区：6位代码中的第3位到第6位，取值范围为0001-9999。证券种类标识区：6位代码中的最左两位，其中第1位标识证券大类，第2位标识该大类下的衍生证券。

3、B股标价不同：沪市是以美元竞价；深市是以港币竞价。4、交易制度不同：具体在于沪市的交易规则是连续竞价；深市的交易规则是集合竞价。