电视剧《卧底归来》的结局是警方抓走林莺审问她有关事件的真相，面对证据，林莺承认了自己的罪行。宝玉带着糖果去找了金飞，阿古对着宝玉开了一枪，宝玉手臂中枪，关晓雅开枪打死了阿古。宝玉去医院将子弹取出后，带着跟踪器再次见了金飞。金飞等人已经被警方包围了，正邪的较量一触即发。

警方抓走了企图逃亡国外的林莺，审讯时间只有七天，警方通过破解林莺和白询文的录音内容，最终掌握了林莺的犯罪证据。铁证如山，林莺主动向警方招供出幕后的贩毒网。宝玉准备去泰国抓捕金飞，糖果为了替父亲赎罪，决定跟随和协助金飞办案。

宝玉在去泰国之前和关晓雅告别，关晓雅强忍不舍之意将宝玉送到车边。然而，藏在汽车后备箱的阿古向宝玉开了一枪。宝玉在倒地之前开枪打死了阿古。几天之后，金飞逃到了境外，带着程宁宁过上了逍遥的生活。但是，警方已经完成布局，等到收网。

《卧底归来》剧情简介

禁毒会战正式开始了，化妆侦查员宝玉即将完成任务，马上就可以归队了。然而还有一次更加艰巨的新任务需要他去完成。宝玉就接近了失忆住医院的大毒枭金飞，从此开始了新的卧底生涯。在没有任何组织成员的帮助下，他成功地打入了飞城企业，获得了总经理林莺的信任。