有氧呼吸分为三阶段，其中第三阶段有氧气参与，使有机物完全分解，释放大量能量；无氧呼吸分为两阶段，没有氧气参与，有机物不完全分解，动物将有机物分解为乳酸，大部分植物将有机物分解为酒精，释放少量能量。

二者又一区别是，无氧呼吸不需要线粒体，有氧呼吸要线粒体。有氧呼吸是指细胞在氧的参与下，通过酶的催化作用，把糖类等有机物彻底氧化分解，产生出二氧化碳和水，同时释放出大量能量的过程。有氧呼吸是高等动物和植物进行呼吸作用的主要形式，因此，通常所说的呼吸作用就是指有氧呼吸。细胞进行有氧呼吸的主要场所是线粒体。

一般说来，葡萄糖是细胞进行有氧呼吸时最常利用的物质。无氧呼吸一般是指细胞在无氧（缺氧）条件下，通过酶的催化作用，把葡萄糖等有机物质分解成为不彻底的氧化产物，同时释放出少量能量的过程。这个过程对于高等植物、高等动物和人来说，称为无氧呼吸。