在2000年，为解决主板市场退市公司与两个停止交易的法人股市场公司的股份转让问题，由中国证券业协会出面，协调部分证券公司设立了代办股份转让系统，被称之为“三板”。由于在“三板”中挂牌的股票品种少，且多数质量较低，要转到主板上市难度也很大，因此很难吸引投资者，多年被冷落。

新三板是全国中小企业股份转让系统，在场所性质和法律定位上，全国中小企业股份转让系统与证券交易所是相同的，都是多层次资本市场体系的重要组成部分，主要为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务。

为了改变中国资本市场这种柜台交易过于落后的局面，同时也为更多的高科技成长型企业提供股份流动的机会，有关方面后来在北京中关村科技园区建立了新的股份转让系统，这就被称为“新三板”。无疑，企业在“新三板”挂牌的要求，要高于“老三板”，同时交易规则也有变化，譬如只允许机构投资者参与等。