纳土纳海位于南海西南，马来半岛、加里曼丹岛和苏门答腊岛之间，是南海的支海。北面与南海以纳土纳群岛和阿南巴斯群岛为界，南面经卡里马塔海峡和加斯帕海峡通爪哇海，西面通过宾坦岛和马来半岛之间的海域连接新加坡海峡和马六甲海峡。

纳土纳海是一个浅海域，南部30米等深线离各岛约15～80公里,但20米等深线多数地段贴近岛岸。中部一般水深50米左右，北部大纳土纳岛南侧海域最深也只有109米。

海域内岛屿众多，东北侧为纳土纳群岛，北有阿南巴斯群岛，西侧有廖内群岛、林加群岛。中部有淡美兰群岛、巴达斯群岛等。南部也有岛屿并且较大，有邦加岛、勿里洞岛、马亚岛、特卢凯尔岛和卡里马塔群岛等。加里曼丹岛和苏门答腊岛为平原泥质海岸，海岸低平多沼泽，岸边断续分布有红树林，其它海岛周围多珊瑚礁。