扬子鳄生活在湿地生态系统。

湿地生态系统属于水域生态系统，其中的生物群是由陆生以及水生所组成的，能量流动、物种迁移、物质循环以及演变活跃，是具有较高的生物生产力、生态多样性以及物种多样性。1971年的拉姆萨尔通过的《关于特别是作为水禽栖息地的国际重要湿地公约》中，将湿地定义为“不问其为天然或人工、常久或暂时之沼泽地、湿原、泥炭地或水域地带，带有静止或流动、或为淡水、半咸水或咸水水体者，包括低潮时水深不超过6m的水域。”而扬子鳄是生活在长江下游地区的水塘、沼泽以及湖泊中，所以扬子鳄是生活在湿地生态系统中的。

扬子鳄是中国特有的一种鳄鱼，也是世界上最小的一种鳄鱼品种。在扬子鳄身上，还能找到早先恐龙类爬行动物的各种特征，所以人们把扬子鳄称之为活化石了。因此，扬子鳄对人们研究古代爬行动物的兴衰以及研究古地质学和生物的进化，有着较为重要的意义。