鱼儿拍动鳃盖一般是为了呼吸，因为鱼一般是用鳃来呼吸，水由口进入之后流经鳃由鳃盖后缘流出。当水流过鳃丝时，水中的溶解氧就会进入鳃丝的毛细血管中，二氧化碳就会由鳃丝排放到水中，二者进行气体交换，因此鱼用口吞水，用鳃孔排水，鱼的口和鳃盖不停地交合，就是鱼在呼吸。

大部分的鱼是用鳃来呼吸的，鱼的鳃包括鳃弓、鳃丝、鳃耙。鱼的鳃盖是鱼鳃外面的一些皮褶，有些鱼可以根据它的鳃盖来判断它的年龄。

鲨鱼和鳐类的鳃盖不发达，鳃裂直接在外界。还有无尾类的幼体，其鳃盖与硬骨鱼相似，都比较发达，但其后端大部分是与腹部皮肤相连接，只在左体侧残留有类似于鳃盖缝的小孔。

鱼鳃除了用于呼吸，还有滤食的功能。尤其是浮游生物食性的鱼类，水中的浮游生物通过鳃丝过滤，进入口腔进行摄食。例如鲢鱼、鳙鱼是完全靠鳃来摄食的。海水真骨鱼类鳃中含有泌氯细胞，泌氯细胞可以分泌氯化物，因此海水鱼类可以生活在高盐度的海水中，而淡水硬骨鱼鳃可以吸收淡水中的氯化物，达到鱼体水盐平衡。